Ergenlik çağındaki Mahito’nun dokunaklı hikayesini anlatıyor. İkinci Dünya Savaşı döneminde geçen filmde, Mahito annesini kaybetmesinin ardından taşradaki babasının yanına gönderilir. Yeni yaşamına adapte olmaya çalışan Mahito, günlerini terkedilmiş bir kule çevresinde oyunlar oynayarak geçirir. Kuleye gittiğinde, sürekli olarak gri balıkçıl kuşuyla karşılaşır. Ancak kısa sürede her şeyin göründüğü gibi olmadığını fark eder.