17 yaşındaki Codename 13, eğitimli bir suikastçı olarak Japonya’da bir görev sırasında yaşadığı sorunlar nedeniyle disipline edilmiştir. Ancak, 11 yaşındaki Monji ile karşılaştığında her şey değişir. Monji, annesinin bir suç çetesi tarafından kaçırılmasının travmasıyla başa çıkmaya çalışan bir çocuktur. 13, Monji’nin yakalanmasıyla birlikte, ona yardım etmek için elinden gelen her şeyi yapmaya karar verir. Bu süreçte, akıl hocasına ve onu bu işe sürekleyen karanlık örgüt Gölge’ye karşı cesur bir direniş gösterir. Kendi içindeki merhameti keşfeden 13, bu zorlu mücadeleyle birlikte hayatının en büyük sınavına hazırdır.